Bermula dari Proyek Intensification of Communicable Disease Control – Asian Development Bank (ICDC-ADB) è Tahun 1998, yaitu proyek Intensifikasi Pemberantasan Penyakt Menular (IPPM) yang meliputi Malaria, ISPA, TBC dan Penyakit yang Dapat Dicegah Dengan Imunisasi (PD3I).
Proyek ICDC-ADB ini dilaksanakan di 6 Propinsi yaitu : Jawa Barat, Jawa Tengah, Sumatera Selatan, Kalimantan Selatan, Sulawesi Tengah dan Nusa Tenggara Timur, terdistribusi pada 21 Kabupaten.
Untuk membantu menurunkan kejadian malaria di daerah ICDC-ADB maka dibangun institusi penunjang proyek bernama Stasiun Lapangan Pemberantasan Vektor (SLPV) di enam Provinsi
Salah satunya di Provinsi Jawa Tengah, yaitu di Banjarnegara
SLPV ini secara adminstratif bertanggung jawab kepada Kanwil Dep. Kes. Provinsi Jawa Tengah, tetapi secara teknis kepada Kepala Direktorat P2B2.
Dengan diberlakukannya UU No. 22 Tahun 1999 tentang Pemerintahan di Daerah, SLPV menjadi UPT Pusat dibawah Badan Litbangkes bernama UPF-PVRP.
Dengan berakhirnya Proyek ICDC-ADB, UPF-PVRP oleh Badan Litbangkes dan dibantu oleh Ditjen PPM-PL mengusulkan kelembagaan UPF-PVRP kepada Menpan.
Dengan persetujuan Menpan, Menteri Kesehatan dengan SK Nomor : 1406/MENKES/SK/IX/2003, tanggal : 30 September 2003 menetapkan kelembagaan UPF-PVRP di enam Provinsi menjadi Loka Litbang P2B2
Merujuk Peraturan Menteri Kesehatan Nomor : 894/Menkes/Per/IX/2008, Loka Litbang P2B2 Banjarnegara mempunyai Unggulan Penelitian dan Pengembangan di bidang Penyakit Bersumber Rodensia. Dan adanya SOT baru dengan tambahan 1 orang Kaur Tata Usaha
Berdasarkan Permenkes No.920/Menkes/Per/V/2011 ditetapkan perubahan Loka menjadi Balai Litbang P2B2 Banjarnegara, dengan 1 orang kepala dan 3 pejabat struktural yaitu Ka Subbag Tata Usaha, Kasi Program dan Kerjasama dan Kasi Pelayanan Penelitian.
Pada bulan Desember tahun 2017 keluar Peraturan Menteri Kesehatan No. 65 Tahun 2017 tentang Organisasi dan tata kerja unit pelaksana teknis di lingkungan Badan Litbang Kesehatan dan ditetapkan perubahan Balai Litbang P2B2 Banjarnegara menjadi Balai Litbang Kesehatan Kelas I Banjarnegara.
Balai Litbangkes Kelas I terdiri atas:
- Subbagian Tata Usaha;
- Seksi Program dan Evaluasi;
- Seksi Kerja Sama dan Jaringan Informasi;
- Seksi Layanan dan Sarana Penelitian; dan
- Kelompok Jabatan Fungsional.
Berdasarkan Peraturan Menteri Kesehatan Nomor 51 Tahun 2020 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Di Lingkungan Badan Penelitian dan Pengembangan Kesehatan, Balai Litbangkes Banjarnegara mengalami perubahan dalam hal tugas, fungsi dan susunan organisasi. Balai Litbangkes dipimpin oleh oleh kepala dan susunan organisasi terdiri dari:
- Subbagian Administrasi dan Umum
- Kelompok Jabatan Fungsional
